Я, когда нужно поставить Сертификаты, и вообще установить Крипто-ПРО и прочее, прибегаю к помощи https://help.kontur.ru/ -- очень классно сделанный веб-сайт, всё делается кликами мышки без включения мозгов.
При чём тут Крипто-ПРО? Речь про самые обычные сертификаты для сайтов, которые проверяют браузеры.
Вообще-то в репозитории есть пакет
ca-certificates-digital.gov.ru. А браузеры, кторые умеют внешние CA использовать, этими сертификатами пользуются. На Яндекс-браузере свет клином не сошёлся. И, на сколько я понимаю, со стороны сайта вообще никак нельзя понять, понравился ли браузеру клиента сертификат сайта, или клиент этот сертификат в исключения внёс.
В общем, пока есть браузеры, где можно добавлять исключения для самоподписанных сертификатов, все эти предупреждения про неработоспособность сайтов являются бредом сивой кобылы. Ну да, подозрения и оценка возможности MITM тут на пользователе браузера, но и только.