Нет разницы как там называються твои точки монтирования, или что ты там имел ввиду под неправильным указанием точек монтирования, главное чтоб корневая fs монтировалась корректно (и вообще в Linux нет понятия метакорня тоесть все fs монтируються прозрачно, и как таковая fs существует одна -- это корневая fs). На счет автомонтирования (если ты хочеш чтоб твоя флешка монтировалась автоматически) дак это есть несколько вариантов, если ты хочеш чтоб твоя флешка монтировалась автоматически при загрузке O.S тибе нужно должным образом отредактировать файл /etc/fstab (если не знаеш как дай эмэйл пришлю man) , если же ты хочеш чтоб она монтировалась автоматически при уже запущеной O.S есть вариант после того как отредактируеш fstab настроить файловый менеджер Krusader в настройках которого в пункте "Дополнительно" поставить галку на "Автомонтирование файловых систем" также есть ситема Supermount - система автоматического монтирования устройств .
На счет запуска GUI при запуске O.S, дак это существует 6 уровней выполнения (runlevel) каждый из которых имеет свой набор скриптов (они находяться в /etc/rc.d) два из них самые распространённые это runlevel3 runlevel5 первый это запуск O.S в многопользовательском текстовом режиме, второй многопользовательском графическом режиме, у тебя по всей видимости сейчас runlevel3, чтоб узнать это нужно выполнить команду $ runlevel или $ who -r
для того чтоб поменять уровень выполнения временно нужно выполнить команду #init 5или3
чтоб постоянно, нужно отредактировать файл etc/inittab там где строка id:5:initdefault: вместо 5 ставим 3 или наоборот и перегрузить O.S. К стати заглярув в этот файл можно узнать текущий у.в (один из способов)