ответ очень прост - не все приложения умеют сказать KDE, что они уже запустились и готовы к работе, чтоб KDE отключил индикацию загрузки.
Поэтому при загрузке всяких gtk-шных приложений, курсор будет прыгать столько времени, сколько указано в найстройках KDE.