Любые моменты которые могут изменить действие и привести к несколько другому результату, должны быть учтены. И в кнопке очистки кеша есть ещё один момент:
По-умолчанию Clean-Installed в true. Но если системный администратор переопределит опцию, то кнопка очистки кеша пакетов будет работать немного не так.
См. autoclean и Clean-Installed в
man apt-get
man apt.conf
и также examples:
/usr/share/doc/apt-<version>/examples/configure-index
Когда любая мелочь должна быть учтена (apt.conf):
Clean-Installed
По умолчанию включено. Когда включено, autoclean удалит все пакеты, которые больше не могут быть загружены из кеша. Если выключено, тогда пакеты, которые установлены локально, также будут исключены из очистки - но учтите, что APT не предоставляет прямых средств для их переустановки.