В live есть при загрузке выбор - режим восстановления системы. Выбираете, грузитесь в консоль, разбиваете так как надо Вам, перезагружаетесь в стандартный режим и выбираете уже разбитые диски из инсталлятора. Так можно обойти некоторые детерминированные алгоритмы инсталлятора, с которыми Вы не согласны. Вариант - ставьте btrfs, для системного диска это хороший выбор, там всё на одном диске. Swap можно добавить в любой момент из файла, на ssd это не обязательно блочное устройство.