Остается вопрос, почему загрузчик не встал в загрузочный сектор раздела с windows.
Да потаму, что NTFS! Я настоятельно рекомендую забыть о существовании такой файловой системы!!! Не используйте её, без крайней на то нужды. Дело в том, что за этим названием, NTFS, скрывается куча РАЗНЫХ файловых систем, и NTFS для NT 4, и NTFS для Висты отличаются друг от друга так, как ext2 от XFS. Подстраиваться под этот маскарад - терять время и здоровье. Наши выпукники, если их вынуждают обстоятельства, поступают так:
Раздел под Windows - fat32, раздел под шару - ext3!!! + патч для винды
http://fs-driver.org/download.html :D, Windows совершенно замечательно работает с ext3!