вчера вечером при загрузке обновлений, вылезали какие-то проблемы с какими-то пакетами
Если предположить что с файловой системой все в порядке с целостностью данных, то именно проблемы с пакетами могут быть проблемой.
Полагаю, что произошло следующее - на днях рабочий стол MATE в репозитории p10 обновился до мажорной версии 1.26.
Это прекрасное событие, но процесс обновления в вашем случае мог пройти криво (как вы и пишите).
За рабочий стол и иконки на нем в MATE отвечает программа Caja (файловый менеджер MATE).
В ALT он содержится в пакете
mate-file-manager.
Соответственно, если этот пакет поломался при обновлении, то не будет иконок и монтирование флешек тоже отрубится.
Теперь что касается "примочек" для Git.
Самая удобная на мой взгляд примочка -
RabbitVCS, т.к. она добавляет в Caja пиктограммы состояния отдельных файлов и меню со стандартными операциями Git.
Можем позже вернуться к этому вопросу, т.к. этой программой я пользуюсь давно и задокументировал процесс ее установки в ALT.
Программы типа Gitk, Git-Cola, QGit тоже имеют полное право на жизнь, но они не интегрируются в файловый менеджер (на уровне подменю и пиктограмм).
Причина открытия Git-Cola вместо файлового менеджера Caja вызвана наличием у Git-Cola ассоциации на каталоги (
MimeType=inode/directory;, см.
desktop-файл). При нормально функционирующем Caja он должен открывать каталоги через свой
desktop-файл.
Вам проще переустановить.
Не обязательно.
Предлагаю такой порядок действий для решения проблемы, все команды от root:
apt-get clean
apt-get update
apt-get dist-upgrade
apt-get install --reinstall $(rpm -qa --qf "%{NAME}\n" | grep "^mate-file-manager")
и полную переустановку пакетов MATE как крайнюю меру:
apt-get install --reinstall $(rpm -qa --qf "%{NAME}\n" | grep -iE "mate|atril|caja|engrampa|eom|marco|mozo|pluma")
Далее перезагружайтесь, заходите в систему и оценивайте изменения.