Мне помогло добавление этого алиаса в /etc/bashrc.d/alias.sh
Оказывается работает не во всех DE. В MATE не помогает, запуск с .desktop файла не работает.
Нашёл другой способ. Создал скрипт ~/bin/rdp_yes.sh, дал ему права на выполнение.
#/bin/bash
echo yes | rdesktop -k en-us -N -x "$1" -g "$2" -u "$3" -p "$4" "$5"
А в .desktop файлах строка Exec= выглядит так
Exec=/home/user/bin/rdp_yes.sh 0x80 1916x1016 user password server
Путь в строке Exec= должен быть полным, переменную $HOME и ~/ MATE не понимает.
Предать скрипту всю строку параметров для rdesktop целиком в одной переменной мне тоже не удалось. Поэтому только отдельными позиционными переменными каждый параметр.