Так как вы не указали здесь сами ошибки, предположу, что нужно загрузиться с флешки и проверить все разделы диска программой fsck.
Дальше, нужно смотреть состояние SMART диска.
Когда вам первый раз указывалось на то, что с ФС не всё в порядке, но вы можете продолжить использовать её на свой страх и риск нажав "Ctrl + D", почему вы не проверили состояние файловой системы?