Вобщем решил проблему, но как-то муторно это и не правильно.
При установке ALT и собирании софтового RAID1 если устанавливать загрузчик на md устройство то по идее сразу же должны создаваться активные загрузочные разделы на обоих дисках, но этого не происходит, я то мучился с загрузчиком а оказалось надо сделать активными загрузочные партиции - тогда все завелось. Собсвенно для тех кто еще столкнется с этим, действия такие:
Если требуется создать при установке ALTLinux Desktop 4x (на server и office server не проверял) RAID1, делаем следующее:
Как обычно размечаем на дисках разделы под raid, в моем случае md0 - 4G SWAP и md1 - / далее выбираем установку загрузчика на mdX - где у вас корневая система, заходим в экспертный режим, нажмиаем "редактировать lilo.conf" убеждаемся что там присутствуют срочки:
boot="/dev/mdX" - где "X" номер устройства md где установлен загрузчик
raid-extra-boot="mbr-only"
Далее устанавливаем систему как обычно.
Перезагружаемся не вынимая загрузочный диск, далее выбираем загрузку с жесткого диска, когда система загрузится открываем терминал и под рутом делаем активными загрузочные партиции, в моем случае это sda2 и sdb2 (md2).
#fdisk /dev/sda
вводим "a"
выбираем номер загрузочной партиции, в моем случае это "2"
вводим "w"
тоже самое повторяем и для второй партиции.
Далее reboot - все должно нормально загрузится.
Незнаю может есть и более простой способ, но мне кажется инсталлер нужно править чтобы все эти действия выполнялись автоматически.