В нынешнем виде проблему невозможно воспроизвести.
Пожалуйста, приведите список действий, а лучше точных команд, которые вы выполняли для установки mate-dock-applet и kde-connect.
Откуда были взяты оба пакета и каких они версий?
Какие сообщения об ошибках вы получили?
Какую связь между доком и индикатором (или пиктограммой в трее) вы ожидаете?
Есть ли сейчас пиктограмма KDE Connect Indicator в трее (MATE Notification Area applet)?
Как система реагирует при выполнении команды kdeconnect-indicator из MATE Terminal?