Необходимо подтверждение при любом удалении.
В коде жёстко прошит запрос только при удалении навсегда, минуя корзину. Операция перемещения в корзину обратима и потому может быть отменена, запрос не требуется.
Если хотите исправить, смотрите строку 1743 в файле Thunar/thunar/thunar-application.c в исходном коде.
else
{
/* launch the "Move to Trash" operation */
thunar_application_trash (application, parent, path_list);
}