Было сейчас время и провёл эксперимент в виртуалке (KVM).
Скачал текущий образ "Альт Рабочая станция" 10.0 (тот же, что и у вас, судя по скриншотам)
Размер диска в виртуалке 40Гб. Делал в инсталляторе авторазбивку (для такого размера диска он автоматом делает только два раздела - свап и корневой), а также в выборе пакетов установил как было по умолчанию
(как я понял, вы выбирали ещё что-то дополнительно, напр. 1C-preinstall, который у вас был в списке на удаление)
После установки сделал полное обновление системы, включая обновление ядра(в консоли - мне так удобнее)
Никаких пакетов на удаление при этом в списке не было. Всё прошло корректно.
Сейчас система занимает 9.3Гб (включая кэш скачанных пакетов, если очистить кэш - 8.4Гб)
Что вы еще дополнительно доустановили при инсталляции или уже после, и откуда взялся подключенный репозиторий Спутника? У вас при обновлении почему-то выносились пакеты GConf, LibreOffice и возможно ещё что-то (на скриншоте не видно)
Меняли репозитории после установки?
ЗЫ. Если при обновлении предлагает удалить кучу пакетов, то в голове сразу должен срабатывать "триггер" - "А с какой стати?" - и далее разбираться.