Ещё раз для понимания, как это работает.
В /etc/skel находится шаблон - папки и файлы, которые будут скопированы в папку /home/username во время создания пользователя username при условии, что этой папки ещё нет. Права доступа на скопированные файлы выставляются согласно новому пользователю (в /etc/skel - владелец:группа у файлов - root:root)
Т.е. Вы можете настроить всё что надо для какого-то пользователя, скопировать необходимые файлы в /etc/skel (желательно на всякий случай сохранить оригинальный вариант /etc/skel - пригодится во время экпериментов). Поправить права доступа (chown -R root:root /etc/skel).
Теперь при создании нового пользователя в его папку home будут автоматически копироваться все необходимые файлы.
Обратите внимание при создании шаблона, что если в файлах-конфигах пользователя вдруг присутствуют в явном виде абсолютные пути с именем этого пользователя, либо само имя пользователя в явном виде, то всё это так и попадет к другому пользователю, и естественно работать будет неправильно. Поэтому такое надо менять на относительные пути (напр. ~/ вместо /home/username/) и использование, если возможно, переменных типа $USER
И само собой, в шаблон помещать только те файлы, которые принципиально важны. Все остальные файлы программы создадут самостоятельно по-умолчанию. Не надо из шаблона делать свалку.
