После прочтения темы на клубном форуме поставил обновление раз в неделю. Поскольку шестая репа самая увесистая, то она проверяется в пятницу, а три оставшиеся (по времени это будет примерно тоже самое, что и одна шестая) - во вторник. Скрипты не могут создать большую нагрузку на сервер, потому, что пауза между _запросами_ составляет в некоторых случаях до минуты. Закачка происходит только в том случае, если менялся timestamp файла. Если ничего не менялось, то и закачка отменяется и скрипт переходит к следующему файлу с указанной выше задержкой. Другими словами, нагрузку я убрал (параллельно и/или в несколько потоков закачек нет). Ну, или пусть эти товарищи, которые и вовсе не товарищи (хостинг-то забугорный), где-нибдь скажут, что есть перегрузка и в чём она выражается (запросы по сети, одновременно и т.п., может быть где-то есть условия тарифа, в которых об этом говориться).
В крайнем случае, я могу попробовать организовать заливку/удаление пакетов к себе (хоть ни разу этого и не делал, но когда-то надо начинать).