Сейчас установлено :
# rpm -qa | grep irtual
virtualbox-5.2.42-alt2
kernel-modules-virtualbox-std-def-5.1.6-alt1.263202.0.M80P.1
Вас не смутили разные версии самого Virtualbox и модуля ядра?
Для этого и надо было обновить ядро с помощью update-kernel
Судя по вашему первому сообщению, у вас ядро 4.4.34-std-def
На данный момент в бранче p8 находится ядро 4.9.325-std-def и модуль ядра для VB kernel-modules-virtualbox-std-def-5.2.42 (как раз соответствует версии VB)
Т.е. вы так и не обновили ядро (или обновили, но не перезагрузились)