Когда запускаете alsamixer попробуйте на том экране который по F3 (Playback) убавить на минимум, а на том который F4 (Capture) настроить нужный уровень громкости. Не завышайте сильно - это приводит к перегрузке входного каскада ,что и может являться одним из источников помех.