при отключении их выводится оповещение типа "теперь носитель можно "безопасно" вынуть.
Это говорит о том, что на флешку отправлены все данные из буферов компьютера и она отмонтирована, а уж сколько времени занимает сам процесс записи внутри флешки зависит от неё самой, у неё ведь тоже есть буферы. Ждите.
Но при этом "флэшка" продолжает мигать, т.е. доступ к ней не отключается.
Доступ к ней может быть уже отключён, но внутри неё происходит процесс записи, а он может быть не быстрым.
Некоторые флешки при присутствии USB питания постоянно горят или мигают, но это не говорит о том, что к ней производится обращение, или внутри неё идёт запись.
А вот "флэшки" работающие в Линуксе накапливают ошибки. И их периодически приходится форматировать.
Странное заявление.
Для начала нужно посмотреть на эти ошибки.
Не путайте "Отсоеденить" (читай отмонтировать) и "Отключить" (читай снять питание с порта).
Мне приносили какую-то дешёвую флешку, корректно извлечённую из винды, с просьбой попробовать восстановить информацию. На эту флешку просто ничего полезного не успело записаться, потому что её извлекли из разъёма пока она ещё мигала светодиодом. хотя винда сказала человеку что уже можно извлекать. А писали на неё файлы с видеорегистратора.
Флешек много, они почти все разные, поведение у них не одинаковое.
И ещё момент, параллельно у меня работают диски подключённые через USB, как бы на них не отразилось использование команды - sync.
Sync работает одноврменно для всех накопителей в системе и сбрасывает системные буферы из RAM в накопители. Ничего страшного эта команда не делает, она даже полезна.