Я с месяц назад задавал подобный вопрос в группе в Телеграм, ответили, что завис в отделе контроля качества (или как-то так) - что-то там не то с отображением уведомлений, если правильно помню. Если раздражает - удалите тот, что из репозиториев, и поставьте через epm play (epm play telegram). Это последняя версия с официального сайта Телеги (точнее из их репозитория на github), дальше будет обновляться автоматически (если выставите соответствующую настройку в самом Телеграм).