Хм, мне вот такой вариант с уменьшением объёма нравится:
gs -sDEVICE=pdfwrite -dCompatibilityLevel=1.4 -dNOPAUSE -dBATCH -dQUIET -sOutputFile=new.pdf test.pdf
Разобрал свой файл постранично на отдельные файлы, потом прогнал командой выше каждый файл и снова собрал в один файл. Размер увеличился, но не критично. Было - 15820146 байт, стало - 17499675 байт.