Отчасти разобрался.
Все дело оказалось в загрузчике. У меня стоит grub Runtu, альтовский загрузчик я ставить не стал.
И похоже на то, что grub как-то кривовато орудует с параметрами загрузки.
После очередного update-grub, появилось ядро 4.8.15 и проблема потери русской раскладки после ждущего режима исчезла.
Но, это ядро появилось только в пункте расширенной загрузки, где есть прямое указание, какое ядро грузить, если грузить просто первый пункт, где грузиться initrd.img, то загружается предыдущее ядро 4.4.39.
Вообще продолжаю копать.