Спасибо, как я понял надо либо создавать новое правило в /etc/polkit-1/rules.d/, либо новую политику в /usr/share/polkit-1/actions/. Я попробовал создать и то, и другое, но эффекта нет. Попытался создать новую политику для gnome-software, но при запуске приложения пароль все равно не спрашивает. Хотя если запустить pkcheck -u -p $$ gnome-software, то окно, предлагающее ввести пароль появляется, так что теоретически политика работает, а практически - нет.