Тема актуальная и я не прочь прочитать вразумительное заключение.
Спрашивать надо у представителей ФСТЭК. Подозреваю, что тут никто вам не ответит. Знаю, что, допустим, MCBC покупается один на все предприятие. Но потом каждое изделие, выполненное на его основе сертифицируется. Причём может сертифицировать как единичный экземпляр изделия, так и серию изделий. Всё зависит от потребности и стоимости сертификации изделия. Никто на каждый экземпляр изделия не будет покупать отдельный сертифицированный дистрибутив МСВС.
Я думаю дистрибутивы ALT Linux в этом не могут отличаться.
Вот если созданное изделие не проходит отдельной сертификации, то может это и имеет значение.
В любом случае, если вас интересует вопрос сертификации вашего изделия или рабочего места, вопросы надо задавать представителям ФСТЭК, или организации, которая будет проводить эту сертификацию.