Во-первых, контроллеры такого типа называются Fake-RAID. Собственно RAID-функции выполняются программно, средствами контроллера только запись на все диски массива идёт одной командой.
Во-вторых, скорость fake-RAID незначительно отличается от скорости MD-RAID при использовании режима контроллера AHCI.
В-третьих, с позиций сохранности данных и минимизации простоя MD-RAID гораздо надёжнее Fake-RAID. Если контроллер выйдет из строя, массив переключаете на другой контроллер (да хоть на материнской плате) и всё работает.
В-четвёртых, функциональность MD-RAID больше, чем любого Fake-RAID, и больше многих аппаратных RAID.
MD - вполне полноценный RAID, в частности, он позволяет вывести из массива и заменить сбойный диск на ходу (если контроллер поддерживает hotswap).