Просто hdparm с параметром фильтра выдает такой же результат в принципе?
# hdparm -I /dev/sdd | grep Sector
Logical Sector size: 512 bytes
Physical Sector size: 4096 bytes
Не увидел в той куче вывода.
Значит, раз у всех 4K, наверное, разделы изначально получилось выровненые. В общем, тогда всё хорошо.
А что делать с Отсутствием текущих значений cylinders, heads, sectors/track и строки "CHS current addressable sectors:"?
Думаю, забить. Может быть, как-то с определением hdd в BIOS связано. CHS/LBA когда-то там переключалось. CHS сейчас не нужен, как правило.