Мне кажется, это связано как-то с тем, что в каталоге /usr/share/applications/ находятся не сами файлы типа *.desktop, а символические ссылки на них, например:
$ ls -l /usr/share/applications/ writer.desktop
lrwxrwxrwx 1 root root 48 ноя 5 06:33 writer.desktop -> ../../lib64/LibreOffice/share/xdg/writer.desktop
Можно попробовать руками (например, в mc) удалить ссылку, а на её место скопировать сам файл из /usr/lib64/LibreOffice/share/xdg
Если поможет, пишите в багзилу.
Ну, или руками закиньте на рабочий стол, что-нибудь типа (для oowriter - writer.desktop) :
[Desktop Entry]
Categories=Application;Office;WordProcessor;
Comment=Создание и редактирование текста и рисунков в письмах, отчетах, документ
Encoding=UTF-8
Exec[$e]=lowriter %U
GenericName=Текстовый процессор
Icon=libreoffice5.0-writer.png
InitialPreference=5
MimeType=application/vnd.oasis.opendocument.text;application/vnd.oasis.opendocum
Name=LibreOffice Writer
Terminal=false
Type=Application
X-ALT-UserEdited=true