В xfce как-то недоработано на эту тему. В том же kde сделано умнее: ctrl+c ctrl+v (либо мышкой через контекстное меню), всплывает сообщение, что такой файл уже есть и предлагает ввести другое имя. А в xfce либо копировать в другую папку, переименовывать, перемещать обратно, либо через консоль, командер, вобщем, в другой программе.