Текстовый редактор это не просто печатная машинка.
Так оно и есть.
Чтобы в ворде не "плыли" ссылки, их нужно правильно "готовить" в LO. Но лучшим вариантом будет установка LibreOffice на компьютер научного руководителя и сохранение документа в формате ODF, этот формат ведь в России является ГОСТом, только на него все "положили". LO прекрасно уживается с MSO на винде.
На нашем предприятии специально был принят приказ о внутреннем использовании форматов ODF для внутреннего документооборота, ещё в 2013 году.
Кстати, от версии к версии даже MSOffice далеко не всегда нормально переносит форматирование документов. Например, сложный .docx файл созданный в MSO 2007 ужасно отображался в MSO 2010, перенести это безобразие помог только Writer. Но это частная ситуация.
Вообще, в области критически важной инфраструктуры нужно переходить на Российское ПО. Ну так, до 2025 года.