Кажется, причина сего странного поведения выявлена.
Сегодня вышеописанная ситуация повторялась раза 4 подряд. Только загружу компьютер, запускаю konqueror - броузер либо подвисат сразу, либо начинает себя странно вести (например, "замораживаются" панели инструментов, наводишь мышью на пустое место на странице - мышь принимает форму, как-будто под ней гиперссылка и если щелкаешь, то уходит по этой ссылке (чем-то похоже на поведение КПК с неоткалиброванным экраном), а вслед за ним подвисают иксы. Также если запускаешь Synaptic - у него поведение подобное.
В общем, перебрав все пришедшие в голову комбинации, пришел к нижеследующему выводу.
Как известно, у Desktop 4.1 есть глюк - в КДЕ не монтирует некоторые DVD-диски (у меня такой есть один, приходится монтировать руками через mount /media/cdrom). Про этот баг уже писали то ли в багзилле, то ли в списках рассылки.
Так вот, странное поведение и подвисание иксов случалось, когда при загрузке системы в DVD-ROM был вставлен этот диск. Только я его достал - система стала работать как часы...