Я временно решил проблему, поменяв пользователя:
start_daemon --lockfile "$LOCKFILE" --user _transmission-daemon -- transmission-daemon "$TRANSMISSION_OPTIONS"
на:
start_daemon --lockfile "$LOCKFILE" --user $USER -- transmission-daemon "$TRANSMISSION_OPTIONS"
указав, при этом, переменную пользователя:
USER=user
в файле /etc/init.d/transmission-daemon, но это плохой, временный вариант, до первого обновления.
Так что, Ниид Хелп, Плиись!