Запуск пользовательской сессии теперь происходит через systemd, который генерирует пользовательские юниты из desktop-файлов ~/.config/autostart/ .
Замечал, что ему не нравятся там параметры, содержащие "GNOME". Например, X-GNOME-Autostart-Phase, которые достаточно удалить из desktop-файла.