Ну во-первых интерфейс эмулятора терминала в убунте вообще ничем не отличается от таковых в других дистрибутивах. Вызывается совершенно банально либо из меню, либо из контекстного меню, либо по Ctrl+Alt+T (тоже банальный хоткей, который к тому же можно посмотреть в настройках).
Во-вторых двойное хлопанье по исполняемому файлу в убунте по-дефолту не вызывает его выполнение. Это тоже настраивается и дефолтная настройка абсолютно разумна.
В-третьих я тоже не пользуюсь убунтой, однако никаких критических отличий там не замечал.
В-четвёртых, и самое главное. В любых дистрибутивах (и необязательно Linux) система не берёт сообщения об ошибках выполнения из астрологических таблиц. Они берутся из самого исполняемого кода, при условии что там сделаны проверки и точки останова, в релизных бинарных сборках этого добра либо минимум, либо вообще нет, ибо замедляют работу программы. Поэтому сообщения шелла ни о чём сказать не могут в принципе. Для разрешения подобных ситуаций существуют средства отладки, о некоторых из которых вам написали и которыми вы до сих пор не почесались воспользоваться.
Из той ничтожной информации, что вы предоставили можно только сказать, что в убунте ядро уже давно не 2.6.15. Прочие пакеты далеко не близких версий, которые использовались с тем ядром. Там давно уже нет SYSV как и соответствующих компонентов. Довольно странно ожидать, что подобные бинарники при таких условиях будут работать. Для чего предназначен этот ваш бинарник никто кроме вас не знает. Что там хочет этот ваш бинарник, само собой, никто кроме вас не узнает.