Копирование винта на винт, архивных данных очень много, поэтому приходится выключать комп на некоторое время, и подключать друге винты (на которых стоит винда например), поэтому выключение не экстренное
Копирование в убунте, можно копировать из терминала и т.д. (опишите подробнее как именно лучше копировать)
Посмотрите в сторону команды rsync
man rsync
касательно локального копирования и по ключам, которые вам могут понадобиться.
Например:
rsync -rtP /каталог/который/копировать /каталог/куда/копировать
будет копировать каталог "/каталог/который/копировать" вместе со всем содержимым (ключ -r) в каталог "/каталог/куда/копировать" с сохранением времени изменения файлов (ключ -t) и выводом в консоль процесса копирования и с сохранением недокопированных файлов для последующей докачки (ключ -P). Права доступа файлов при этом не копируются (для этого есть еще ключи).
Посмотрите внимательно man этой команды - там есть и примеры и подробное объяснение всех ключей, возможно какие-то ключи для вашей конкретной ситуации будут очень полезны (не знаю, как в убунте, но в альт приятный русский ман по rsync)