Оба HDD в одном компьютере? А в чём проблема скопировать тогда? Надо куда-нибудь смонтировать нужный раздел и скопировать чем-нибудь. Ровно так же, как с флешкой. У флешки, правда, автомонтирование сработало наверное. Это единственное отличие. То есть как-нибудь а-ля "mount /dev/sdb5 /mnt". Какие разделы на втором HDD можно посмотреть разными утилитами: fdisk, blkid и т.п. В конце концов просто в /dev/disk.