Ну, первым делом надо смотреть логи обновления, с целью установить что обновилось.
Если настройки хранились в /etc/net - стоит посмотреть, а ничего там не поменялось?
Насколько я помню - настройки DNS должны храниться в /etc/net/ifaces/default/resolv.conf плюс /etc/net/ifaces/имя_интерфейса/resolv.conf для конкретного интерфейса.
Текущие настройки в см
resolvconf -l