Таки ведь проблема не в источниках и не в самих пакетах, а в БД rpm.
Для начала следует выяснить что могло сломать БД, например проверить состояние ж/д и ф/с.
После искать в сети, может есть какие утилиты по авто-восстановлению, может рецепты по ручному.
Искать бэкапы.
После думать что делать.