Так в spec можно включить патч, который не будет отрабатываться в "обычном случае", я думаю, что DESTDIR может иметь какое-то значение.
Вообще-то не понятно зачем chown в Makefile. Обычно make install (если не собирается rpm), запускается от root. Гораздо больше смысла проверить перед chown, что make запущена от root.