Возможно и зло, но если у Вас есть новая версия проги скомпилированая с новыми либами что-то не заработала, то старую уже запустить будет невозможно. Или новая версия не запустится с не обновленным linux, а обновить не будет возможности.
Все программы и библиотеки в репозитории согласованы между собой. В этом и смысл. При apt-get dist-upgrade обновляеся всё, что изменилось.
Проблемы могут быть только с программами, установленными из других источников.Но это уже проблемы этих программ...
Если такая программа перестаёт работать после обновления системы, то теоретически возможен (но не гарантирован) downgrade
https://www.altlinux.org/Downgrade с дальнейшей постановкой на hold критичных пакетов
https://www.altlinux.org/HoldПри этом ради этой программы придётся жертвовать необновляемой системой. Либо выносить такую программу в изолированное программное окружение - docker, hasher, виртуалку...
