С USB во всех системах интересная история - то питания не хватает, то еще какой прикол.
Одно время на ALT у меня была проблема с внутренней флеш-памятью 16гб плеера, причина была в нестандартном размере блоков памяти флешки(просто память такая, много и дешевая, ну и параметры соответственно), один параметр к ядру проблему исправлял (на этом форуме можно поискать по "Iriver P7"), потом с новыми ядрами 3 проблема исчезла.
Сейчас проблема с USB2.0 винтом на домашней Windows 7, пишет отформатируйте диск, при том что на других компьютерах с 7,xp он нормально работает, впрочем как и в Linux на этом же.
Бывает, что переформатирование флешки в Fat32 помогает.
Можно попробовать к задним USB-портам подключить.
Также можно попробовать загрузиться с live-cd какого-нибудь другого дистрибутива и посмотреть, как там поведет себя флешка.
У меня под Linux по ощущениям быстрее флешки пишутся/читаются, очевидно из-за отсутствия антивирусного монитора :)