Система на eMMC
Для нормальной проверки корневого раздела нужно загрузиться с любого LiveCD образа Linux, хоть с флешки, хоть с CD-диска, или использовать специализированный дистрибутив.
После загрузки найти устройство eMMC и раздел, на котором расположен корень Вашей системы.
Так как у Вас там LVM, или шифрование раздела, то, скорее всего, он будет называться /dev/mapper/alt-root.
Запустить команду fsck.ext4 (команда mount и файл /etc/fstab показали что там ext4) без опций -a и -p, о чём и говориться в выводе systemctl status systemd-fsck-root.service.
fsck.ext4 /dev/mapper/alt-root
Далее ответить на все вопросы утвердительно.
Вероятно, на корневом разделе существуют ошибки, но загруженная с него система не может их исправить, так как раздел уже примонтирован в режиме записи, что и приводит к постоянным запросам Ctrl+D.
Корневой и boot разделы желательно хранить без дополнительных слоёв абстракций. LVM нужен довольно редко, в основном, при создании устройств хранения с возможностью их дальнейшего расширения. А шифровать корень нет смысла. Что там могут подсмотреть, уже шифрованные пароли в /etc и /var? Тем более, что /home у Вас не зашифрованный.