Делаю, что написано в инструкциях для чайников.
Установка R пакетов с их компиляцией из исходного кода - это нетривиальная задача.
Для установки каждого R-пакета просто нереально написать и поддерживать в актуальном состоянии отдельную инструкцию.
Поэтому нужно четко отслеживать вывод ошибок в R-сессии при выполнении команд типа
install.packages('Rcmdr')
В этом выводе может быть очень много различных сообщений об ошибках и предупреждений мешающий сборке R-пакетов - могут не найтиcь gcc, g++, make, cmake, gfortran, файлы заголовков каких-то библиотек и т.п.
Помочь вам в этой ситуации может
команда epmsf (например,
empsf zlib.pc для поиска пакета, соответствующего библиотеке Zlib).
Это все происходит из-за того, что экосистема R-пакетов очень обширна, пакеты там зависят друг от друга и от среды сборки.
Даже может что-то внезапно сломаться и потерять совместимость с версией R из дистрибутива.
В вашем случае для установки пакета Rcmdr воспроизводимый способ установки будет содержать следующие команды («#» означает запуск команд от root, «$» - от обычного пользователя):
# apt-get update
# apt-get install R-base R-devel R-doc-html make gcc gcc-c++ gcc-fortran cmake zlib-devel liblapack-devel libopenblas-devel tcl-devel tk-devel libssl-devel libxml2-devel libcurl-devel libfreetype-devel fontconfig-devel libfribidi-devel libjpeg-devel libtiff-devel libpng-devel R-tcltk libglvnd-devel libGLU-devel
$ mkdir -p ~/R/x86_64-alt-linux-gnu-library/4.0
$ R -e "install.packages('devtools', repos='http://cran.r-project.org')"
$ R -e "require(devtools); install_version('pbkrtest', version = '0.5-0.1', repos = 'http://cran.r-project.org')"
$ R -e "require(devtools); install_version('Hmisc', version = '4.8-0', repos = 'http://cran.r-project.org')"
$ R -e "install.packages('Rcmdr', repos='http://cran.r-project.org')"
Пришлось вручную понизить версии двух пакетов, т.к. предлагаемые по умолчанию не дают установить пакет Rcmdr.
При первом запуске среды командой
library(Rcmdr) внутри R-сессии вам будет предложено установить недостающие зависимости R-пакетов, позвольте этому процессу завершиться.
После этого можно будет использовать Rcmdr.
Указанный выше путь протестировал в StarterKit p10 MATE.
На будущее порекомендовал бы вам конспектировать процесс установки зависимостей для используемых вами R-пакетов либо в виде простых текстовых файлов, либо в виде скриптов.
А также присмотритесь к среде разработке RStudio в качестве альтернативы для Rcmdr.
Самую новую версию RStudio можете установить в ALT Linux с помощью максимально новой Eepm командами
$ epm ei
$ epm play rstudio
# apt-get remove eepm
# apt-get install eepm
В списке команд выше две последние нужны для отката на стабильную версию Eepm из репозитория p10 для предотвращения неожиданностей.
После установки RStudio ярлык будет доступен в меню.
Функциональность RStudio очень мощная - есть встроенная поддержка Git-репозиториев, визуальный редактор RMarkdown/bookdown, удобная работа с Shiny, создание проектов по шаблонам и еще много чего.
