Сам себе отвечу. Это какой-то странный глюк, связанный с тем, что псевдонимы, указанные в crypttab почему-то игнорировались при загрузке системы, соответственно система не находила разделы для монтирования, хотя они и были. Осталось не понятным, почему тогда вообще загружалась, пусть и долго?
proc /proc proc nosuid,noexec,gid=proc 0 0
devpts /dev/pts devpts nosuid,noexec,gid=tty,mode=620 0 0
tmpfs /tmp tmpfs nosuid 0 0
UUID=ef718c26-c5ba-4cfe-b7ed-e574f941e2a0 / ext4 relatime 1 1
UUID=58A4-8B32 /boot/efi vfat umask=0,quiet,showexec,iocharset=utf8,codepage=866 1 2
UUID=97e6aa46-8c2b-4cb3-99c7-f924dd15a5fd /home ext4 nosuid,relatime,usrquota,grpquota 1 2
UUID=cbe62cd9-db42-45f7-ba31-314daf712ac9 swap swap defaults 0 0
Указал UUID, проблема ушла.