не понял что значит фраза "с какими именно разделами проблема"
У Partition Table (точнее DOS Partition Table) есть разделы двух видов: первичные и расширенные. Их может быть всего 4, причём расширенный, кажется, только один (хотя Linux-у, наверное, соотношение не важно). расширенный может делиться на некоторое количество логических разделов. Не помню на вскидку, но, кажется, 16. Баг 26925 описывает проблему выравнивания логических раделов внутри расширенного. Первичные разделы инсталлятор выравнивал правильно уже на тот момент.
Кстати, а инсталлятор на использование "GUID Partition Table" вместо "Partition Table" не перевели ещё ? Что-то давно не ставил... Там может быть всё по-другому, так как принципы поменялись.