Скорей всего при обновлении был удалён пакет i586-wine или i586-wine-vanilla . Такое редко, но бывает, когда нужный пакет по какой-то причине выносится из системы.
Поэтому надо всегда смотреть, что предлагается и как обновлять, особенно, если предлагается что-то удалить.
Вообще-то оба пакета не нужны. Нужен какой-то один (в зависимости от приложений, какие вы запускаете из-под Wine).