Помимо флажка в GUI-настройках, встречал забавную картину, когда один экран полностью накрыл другой и было непонятно, что делать, а надо было всего-то подвинуть верхний виджет. Это было в KDE5, но не сильно зависит от DE. Поэтому да, ориентироваться на xrandr имеет смысл.