apt-get update
разве не достаточно для обновления индексов - зачем весь этот огород?
Речь же первоначально шла о том, что ПК без интернета.
Можно, и иногда даже нужно (особенно для организаций), как упомянул Scull, использовать sisyphus-mirror и alterator-mirror. Но это накладывает свои ограничения и дополнительные требования: больший объём данных (даже с исключением групп пакетов); необходимость использования второй системы для запуска sisyphus-mirror; необходимость бороться с собственной ленью и тараканами :)
apt-get upgrade
Неправильная команда (остаются старые версии пакето, видно откуда вы пришли . Нужно :
apt-get dist-upgrade
Можно и
apt-get dist-upgrade, но
apt-get upgrade обновит только уже установленные пакеты, при этом он не станет предлагать ничего удалять как dist-upgrade, но и не станет ставить новые пакеты-зависимости, ещё не установленные в системе. То есть в этом случае меньше вероятность, что что-то поломается. Потом можно и dist-upgrade выполнить, поправьте если для Alt Linux это не так. С другой стороны, емнип, последовательное выполнение upgrade, а потом уже dist-upgrade актуальнее в плане меньшего риска сломать систему (из-за невнимательности пользователя) при переходе на новую ветку или использовании тестовых веток.