У меня тоже 2 диска, один с ХР , другой с ALT 4.1. Диски при установке обоих ОС не отключал, перед установкой альта подготовил раздел для него, своп, и установил . В BIOS выставил загрузку с диска с альтом При включении компа,загрузчик LILO сам предлагает выбрать с чего грузиться.Физически отключать диски при установке-я бы не рекомендовал,а то придётся потом монтировать виндовые разделы чтобы их просматривать.
Если в BIOS выставлю загрузку с диска с виндой-то грузится винда, а альта даже не видно :) На диске с линуксом есть раздел с NTFS-для обмена файлами между альтом и ХР -его винда только и видит на этом винчестере.
Если с Альта гружусь-он видит всё.