Ну вот, а говорите kernel-headers... Забыли про один из пакетов.
kernel-headers-modules в /usr/src свои файлы действительно кладёт. Это можно и непосредственно в скачанном пакете посмотреть, если зайти в него двойным кликом с помощью mc (в CONTENTS.cpio).
В таких случаях не лишним будет обращаться к истории apt или synaptic (смотря чем пакеты обновлялись). Там будет видно какие пакеты удалялись, устанавливались, обновлялись.