Только что засек как apt-indikator слинял из трея. Дело было так: он сообщил об обновлениях, я обновился, потом он повисел в трее минут 10 с зеленой галочкой, и - исчез.
Т.к. у него в настройках можно указать интервал проверки, становится понятно что это его нормальное поведение.