Проблема может быть в том, что одновременно стоят активными две видеокарты, а видеосигнал выдаётся на одну из них (например встроенную, не смотря на наличие внешней).
В принципе правильный алгоритм - поставил новую видеокарту, отключил старую (в bios), загрузился в третий (неграфический) режим, дал x11_autosetup, проверил /etc/X11/xorg.conf и перегрузился. Ничего доустанвавливать не надо по-умолчанию всё уже стоит, только настроено на старую карту.